Objetivo del Taller
Capacitar a las personas participantes en los conceptos básicos y herramientas fundamentales de la bioinformática y metagenómica, para que puedan aplicar estas tecnologías en estudios locales de biodiversidad y salud, promoviendo el desarrollo de proyectos de investigación que aborden problemas específicos de la región.
Fecha
26 al 30 de agosto de 2024
Nivel
Básico-Intermedio
Idioma
Español
Descripción
En los últimos años la metagenómica ha cobrado una gran importancia para el descubrimiento de nuevos grupos microorganismos y rutas metabólicas. En este taller revisaremos los métodos más recientes para analizar datos metagenómicos.
Durante este taller aprenderás a reconstruir genomas a partir de metagenomas utilizando diferentes herramientas de software libre. Revisaremos diferentes estrategias de binning y de predicción metabólica.
¿A quién va dirigido?
Este curso está dirigido a personas que desean aprender cómo reconstruir genomas desde metagenomas y hacer predicciones metabólicas. Las personas que deseen inscribirse al taller deben contar con conocimientos de Linux.
Pre-requisitos
- Computadora con al menos 8Gb de memoria.
Duración del Taller
5 días
Cupo
Máximo 40 personas presencial
Modalidad
Híbrido
Costo
- Estudiantes y profesores del TecNM campus Chiná: $700
- Público en general: $2000
- Público modalidad virtual: $1500
Instructores
- Mirna Vázquez Rosas Landa. Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, UNAM.
- Karina Verdel Aranda. TecNM campus Chiná
- Nelly Selem Mojica. Centro de Ciencias Matemáticas, UNAM
- Diana Hernández Oaxaca. Centro de Ciencias Genómicas, UNAM
Ayudantes
- Shaddai. Postdoc Centro de Ciencias Matemáticas, UNAM
- Mariana Belem Becerril Jiménez. Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, UNAM.
- Frida Nayeli López Ruiz. Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, UNAM.
- Gabriel Yaxche Lona Téllez. Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, UNAM.
Programa
- Día 1 y Día 2: Introducción a bioinformática y a la metagenómica.
- Día 3:
- Reconstrucción de genomas
- El árbol de la vida
- Filtrado de lecturas e interleaving
- Ensamble de lecturas
- Mapeo de lecturas
- Binning con diferentes herramientas
- Control de calidad de las reconstrucciones
- Limpieza de Bins
- Día 4: Reconstrucción metabólica e inferencia filogenética
- Asignación taxonómica.
- Análisis de vías metabólicas.
- Un vistazo a la reconstrucción de la comunidad viral y eucariota.
- Día 5:
- ¿Qué es un amplicón? ¿De qué manera se puede ocupar? ¿De qué forma se obtienen estos datos?
- Flujo de datos con Qiime 2 (instalación, importación de datos y corte de adaptadores)
- Flujo de datos con Dada2
- Asignación taxonómica.
Página oficial del evento
https://bioinf2024.netlify.app/